Persenjataan utama kapal selam adalah torpedo.Torpedo ini digunakan untuk menyerang baik kapal permukaan maupun kapal selam musuh. Torpedo diluncurkan dari kapal selam dan bergerak mencari sasaran.Ada jenis torpedo yang dikendalikan dari kapal selam, maupun torpedo dengan sistem fire and forget yang dilengkapi dengan perangkat sonar.Adapula gabungan keduanya.

Saat diluncurkan torpedo terus menerus dikendalikan oleh sistem pada kapal selam.Antara kapal dan torpedo yang ditembakkan dihubungkan dengan kabel.Kabel ini bisa kabel tembaga maupun kabel fiber optik.Ketika torpedo sudah mendekati sasaran, kabel ini dilepas dan torpedo menuju sasaran dengan sensor sonar pada torpedo tersebut.Ledakan torpedo, memberikan dampak kerusakan yang jauh lebih besar daripada rudal permukaan.

Karena meledak di dalam air, gelombang kejut ledakan torpedo menghasilkan efek yang bernama bubble jet effect.Torpedo yang meledak di bagian tengah kapal, mampu mengakibatkan lambung kapal terbelah dan kapal patah menjadi dua bagian.Selain torpedo, kapal selam juga dapat digunakan untuk membawa peluru kedali baik rudal balistik maupun rudal jelajah.

Amerika menggunakan kapal selam sebagai salah satu elemen dari Triad nuklir.Tiga wahana untuk membawa dan mengirimkan senjata nuklir.Ketiganya adalah Rudal Balistik Antar Benua, Pesawat Pembom strategis dan kapal selam.Selain untuk peperangan laut dan peluncur peluru kendali. kapal selam juga digunakan sebagai sarana infiltrasi dengan membawa personil pasukan khusus menyusup ke wilayah musuh.

Karena perannya yang sangat strategis,Indonesia, sebagai negara kepulauan mutlak membutuhkan kapal selamuntuk menjaga kedaulatan perairan Nusantara.Pada era tahun 60an. Dalam mendukung operasi Trikora, Indonesia memiliki hingga 12 unit kapal selam operasional. Ditambah 2 unit sebagai persediaan suku cadang.